১৯৫৪ এবং ১৯৫৫ সালের উপর্যুপরি ভয়াবহ বন্যার পর বন্যার ক্ষয়ক্ষতি কমিয়ে খাদ্য উৎপাদন বাড়ানোর লক্ষ্যে ১৯৫৭ সালে জাতিসংঘের অধীনে গঠিত “ক্রুগ মিশন” এর সুপারিশক্রমে এতদঞ্চলের পানি সম্পদ ব্যবস্থাপনা ও উন্নয়নের লক্ষ্যে ১৯৫৯ সালে পূর্ব পাকিস্তান পানি ও বিদ্যুৎ উন্নয়ন কর্তৃপক্ষ (ইপিওয়াপদা) গঠন করা হয়। বর্তমান বাংলাদেশ পানি উন্নয়ন বোর্ড( বাপাউবো) ইপিওয়াপদা এর পানি উইং হিসেবে দেশের বন্যা নিয়ন্ত্রণ , নিষ্কাশন ও সেচ প্রকল্প বাস্তবায়ন করে কৃষি ও মৎস্য সম্পত্তির উৎপাদন বৃর্দ্ধির লক্ষ্যে দেশের পানি সম্পদ ব্যবস্থাপনায় প্রধান সংস্থা হিসেবে কার্যক্রম আরম্ভ করে। স্বাধীনতার পর ১৯৭২ সালে মহামান্য রাষ্টপতির আদেশ নং-৫৯ মোতাবেক ইপিওয়াপদা এর পানি অংশ একই ম্যান্ডেন্ট নিয়ে বাংলাদেশ পানি উন্নয়ন বোর্ড (বাপাউবো) সম্পুর্ন স্বায়ত্বশাসিত সংস্থা হিসাবে আতœপ্রকাশ করে। অত:পর সংস্কার ও পুনর্গঠনের ধারাবাহিকতায় জাতীয় পানি নীতি ১৯৯৯ ও জাতীয় পানি ব্যবস্থাপনা পরিকল্পনা-২০০৪ এর সাথে সামঞ্জস্য রেখে বাপাউবো আইন,২০০০ প্রণয়ন করা হয়। এ আইনের আওতায় মাননীয় মন্ত্রী, পানি সম্পদ মন্ত্রণালয় এর নেতৃত্বে ১৩ সদস্য বিশিষ্ট পানি পরিষদের মাধ্যমে বোর্ডের শীর্ষ নীতি নির্ধারণ ও ব্যবস্থাপনা পরিচালিত হচ্ছে।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস